Estuvo habitada por pobladores pre - incáicos, prueba de ello son los objetos encontrados en el sector tales como vasijas, piezas de cerámica, utensilios de obsidiana, cuarzo, basalto, lanzas, cuchillos, entre otros.

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Yaruquí tuvo su fundación eclesiástica el 8 de septiembre de 1570, y su fundación civil el 29 de Mayo de 1861.

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